Berdasarkan legenda yang beredar di kepulauan, Pulau Karimunjawa ditemukan oleh Sunan Muria. Legenda itu berkisah tentang Sunan Muria yang prihatin atas kenakalan putranya, Amir Hasan. Dengan maksud mendidik, Sunan Muria kemudian memerintahkan putranya untuk pergi ke sebuah pulau yang nampak "kremun-kremun" (kabur) dari puncak Gunung Muria agar si anak dapat memperdalam dan mengembangkan ilmu agamanya. Karena tampak "kremun-kremun" maka dinamakanlah pulau tersebut Pulau Karimun.
Transportasi paling umum digunakan untuk ke Karimunjawa adalah kapal dari Semarang dan Jepara. Dari Pelabuhan Tanjung Emas, Semarang, kapal Kartini I (kapal cepat) berangkat setiap Sabtu pukul 9 pagi ke Karimunjawa dan kembali dari Karimunjawa setiap Minggu siang, lama penyebrangan 2-3 jam.
Dari Pelabuhan Pantai Kartini,Jepara terdapat Kapal Muria yang berangkat setiap dua hari sekali,lama penyebrangan kapal ekonomi ini +/- 6 jam pelayaran. perlu diperhatikan untuk jadwal kapal dari pelabuhan Jepara biasanya berangkat hari selasa,kamis,sabtu jam 9 pagi dan dari karimunjawa menuju jepara rabu,jumat,minggu jam 8 pagi. jadwal ini bisa berubah sesuai dengan cuaca atau ombak di laut jawa. seandainya terjadi gelombang tinggi maka pihak perhubungan di pelabuhan tidak akan memberikan izin pelayaran, dan jadwal keberangkatan kapal akan berubah mengikuti perubahan cuaca. Pelabuhan jepara juga bisa membawa Mobil dan motor untuk diseberangkan ke Karimunjawa.
Jalur udara dapat ditempuh dari Bandara Ahmad Yani, Semarang menuju Bandar Udara Dewa Daru di Pulau Kemujan dengan pesawat sewa jenis CASSA 212 yang disediakan oleh PT. Wisata Laut Nusa Permai (Kura-Kura Resort). Waktu tempuh kurang lebih 30 menit.
